ごあいさつ

研究概略

肺がんゲノム・多層オミクス解析

日本人肺腺癌97症例の全エキソームデータを用いて、実際の臨床検体ゲノムに蓄積している変異について検出、解析を行った（Suzuki A et al 2013 PLoS ONE, 修士論文テーマ）。

さらに、従来のがんゲノム解析では不鮮明であった多階層にわたるがんゲノムの異常を明らかにするために、培養細胞モデルを用いたマルチオミクスシークエンス解析を行った。
全ゲノムシークエンス、RNA-Seq、バイサルファイトシークエンスおよびChIP-Seqデータを取得するため、実験およびデータ解析を一貫して行った（Suzuki A et al. 2014 Nucleic Acids Res, 博士論文テーマ）。
肺腺癌細胞のゲノム・エピゲノム変異と遺伝子発現・転写制御異常の関係性を解析し、遺伝子および細胞株ごとの多階層的な特徴を明らかにした。

現在は、国立がん研究センター研究員時代より推進している、トランスクリプトームネットワークを中心に得られた多階層データの統合、および、それに基づいた肺がんの新規層別化に取り組んでいる（Suzuki A and Onodera K et al. 2019 Sci Rep）。培養細胞モデルデータを臨床検体に写像すべく、国立がん研究センター東病院呼吸器外科との共同研究を実施しており（Nakasone S and Suzuki A et al. 2021 Lung Cancer）、最近では、空間トランスクリプトーム解析技術を用いたプロジェクトを立ち上げて推進している。

肺がんゲノムのロングリード解析

文科省科研費新学術領域研究システム癌新次元の公募研究として、新規ロングリードシークエンス技術であるMinIONを用いた肺がんゲノムの変異検出およびフェーズ情報手法の確立を行った（Suzuki A and Suzuki M et al. 2017 DNA Res）。

また、当該研究は新学術領域研究先進ゲノム支援のシークエンス支援に採択され、さらにゲノムワイドな領域に対して、Linked read技術を用いたフェージング解析を行い、がんゲノム研究領域で現在注目されている転写制御領域の変異についてその転写への影響を評価した（Sereewattanawoot S et al. 2018 Sci Rep）。

また、AMED次世代がんの研究課題として、ナノポア型ロングリードシークエンサーPromethIONを駆使して肺がんゲノムを再解析し、重複構造を伴う新規ゲノム構造異常を報告した（Sakamoto Y et al. 2020 Genome Res）。

さらに、がんゲノムフェージング解析を実施し、これら複雑なゲノム変異の生起パターンをハプロタイプレベルで再評価することで、ゲノム変異の生起パターンを網羅的に明らかにすることを試みている（Sakamoto Y, Miyake S and Oka M et al. 2022 Nat Commun）。

データベース

上記新規技術を駆使したがんマルチオミクス解析の結果をデータベースDBKEROにて広く一般に公開している（Suzuki A, Kawano S and Mitsuyama T et al. 2018 Nucleic Acids Res）。また、多方面にわたって取得したデータを用いた共同研究を進めている。

プロフィール

学歴

2010年3月

明治大学 農学部 生命科学科 卒業

2012年3月

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻　修士課程 修了

2015年3月

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻　博士後期課程 修了

職歴

2012年4月 - 2015年3月

日本学術振興会特別研究員DC1

2015年4月 - 2015年6月

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 特任助教

2015年7月 - 2018年3月

国立がん研究センター 先端医療開発センター 研究員

2018年4月 - 2021年3月

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 特任准教授

2021年4月 - 現在

東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 准教授